新生儿甲减部分可自然缓解，但部分只能靠药物干预，主要取决于发生原因，具体如下：

1、原发性甲减：若新生儿甲减是因甲状腺缺如、异位，或甲状腺素合成缺陷导致，则考虑为永久性甲状腺功能减低，就目前医学水平而言，此部分患儿需要终身服用甲状腺素，如左甲状腺素钠片，只要甲状腺素长期服用，维持甲状腺功能正常，则不会对婴儿的发育造成影响。

2、生理性甲减：部分早产儿甲状腺会出现一过性功能减低，随着婴儿年龄增加，甲状腺功能会恢复正常。因此大部分婴儿期筛查出甲状腺功能不全或减低时，需要长期替代治疗，家长不可随意停药。应长期补充甲状腺素，维持游离T3、促甲状腺激素(TSH)在正常水平。医生会根据情况调整甲状腺素药量，逐渐减停，婴儿的甲状腺功能会完全恢复。甲状腺功能减退是影响婴儿生长发育的疾病，发现甲状腺功能减退要及时治疗，维持正常的甲状腺功能。